Taajuuksien hallinta on taajuus "lennonjohto": taajuuksien suunnittelu ja käyttö siten, että omat järjestelmät eivät häiritse. Tämä on dokumentoitu ohjeiden kuten JCEOI (Joint Communications-Electronics Operating Ohjeet), joka valvoo, kuka käyttää mitä taajuuksia, soittaa nimiä ja koodeja toimintaa kohden.
Hyvä taajuuksien hallinta on näkymätöntä, kun se toimii ja se on kivuliaasti havaittavissa epäonnistuessaan: ilman koordinointia tapahtuu satunnaisia häiriöitä tutkan, radion ja GPS:n välillä. — Juuri sen vaikutuksen haluat saavuttaa vihollisen kanssa.